स्वच्छ भारत मिशन (ग्रामीण) का मुख्य उद्देश्य निम्नानुसार है।
क) ग्रामीण क्षेत्रों में सामान्य जीवन स्तर में सुधार करना।
ख) देश में सभी ग्राम पंचायतों द्वारा स्वच्छ स्थिति प्राप्त करने के साथ 2019 तक स्वच्छ भारत मिशन (ग्रामीण) के लक्ष्य को हासिल करने के लिए स्वच्छता कवरेज में तेजी लाना।
ग) जागरूकता सृजन और स्वास्थ्य शिक्षा के माध्यम से स्थायी स्वच्छता सुविधाओं को बढ़ावा देने वाले समुदायों और पंचायती राज संस्थाओं को प्रोत्साहित करना।
घ) पारिस्थितिकीय रूप से सुरक्षित और स्थायी स्वच्छता के लिए किफायती तथा उपयुक्त प्रौद्योगिकियों को बढ़ावा देना।
ङ) ग्रामीण क्षेत्रों में संपूर्ण स्वच्छता के लिए ठोस और तरल अपशिष्ट प्रबंधन पर विशेष ध्यान देते हुए, समुदाय प्रबंधित पर्यावरणीय स्वच्छता पद्धति विकसित करना।